Порода создана путем скрещивания местного скота прибалтийских губерний с животными англерской и красной датской пород. После утверждения породы в 1928 году, продолжилась работа по чистопородному разведению, созданию линий и семейств. В Эстонии в 2010 г. от 19,7 тысяч коров красной эстонской породы получили в среднем по 7152 кг молока, жирностью 4,24% и содержанием белка 3,43%. Значительное количество животных красной эстонской породы в 80-х годах прошлого столетия было завезено в Республику Удмуртия, регионы Северного Кавказа, Омскую, Ростовскую и Псковскую области. Коровы отличаются длительностью хозяйственного использования. Средний возраст выбытия - 4,2 отела. Это самый высокий показатель среди молочных пород России.